Pesantren Mahasiswa Al-Hikam menerapkan sistem kurikulum integral yang memadukan aspek teoritis (in-class) dan praktis (daily life) yang diorganisir dalam sebuah sistem terpadu (Pengasuhan – Pembelajaran – Pendampingan) yang saling berkaitan dan saling mendukung.
Pelaksanaan kurikulum ini didukung oleh tiga bidang yang menangani tugas sistemik Pesantren secara proporsional, yaitu; Dirosah menangani bidang pengajaran, Kepengasuhan menangani bidang mental-spiritual dan KeSantri mahasiswaan mendampingi proses aplikasi dan aktualisasi diri serta memandu para Santri mahasiswa dalam pengembangan karakter dan kepribadiannya.
Penerapan kurikulum integral di Pesantren Mahasiswa Al-Hikam ini diharapkan dapat terlaksana efektif karena seluruh Santri mahasiswa dalam mengikuti proses pendidikannya tinggal di dalam asrama selama 24 jam, sehingga proses trasmissi dan transformasi dapat dilakukan secara berkesinambungan dan berkelanjutan.